O cientista malvado Dr. Neo Cortex e seu assistente Dr. Nitros Brio estão seqüestrando animais indefesos e mutando-los para servir em seu exército. No entanto, todos eles se tornam idiotas. Um dia, eles capturam um bandicoot chamado Bater e transformam-lo na esperança de lhe levando as tropas de Cortex, no entanto, como todos os seus experimentos, ele falhar e Bater escapa. Cortex, em seguida, traz a sua paciente seguinte, a namorada de Bater Tawna. Atravessando com três ilhas, coleta Wumpa frutas e pedras preciosas, e cumprem uma máscara de xamã amigável pelo nome de Aku-Aku, Bater começa sua aventura para salvar Tawna, e todas as criaturas da Terra das garras do Dr. Cortex.